大报恩寺是明成祖朱棣为纪念明太祖朱元璋和马皇后而建，明永乐十年（1412年）于建初寺原址重建，历时达19年，耗费248.5万两白银，十万军役、民夫。大报恩寺施工极其考究，完全按照皇宫的标准来营建，金碧辉煌，昼夜通明。整个寺院规模极其宏大，有殿阁30多座、僧院148间、廊房118间、经房38间，是中国历史上规模最大、规格最高的寺院，为百寺之首。

大报恩寺琉璃宝塔高达78.2米，通体用琉璃烧制，塔内外置长明灯一百四十六盏，自建成至衰毁一直是中国最高的建筑，也是世界建筑史上的奇迹，位列中世纪世界七大奇迹，被当时西方人视为代表中国的标志性建筑，有“中国之大古董，永乐之大窑器”之誉，被称为“天下第一塔”。

2008年，从大报恩寺前身的长干寺地宫出土了震惊世界和佛教界的世界唯一一枚“佛顶真骨”、“感应舍利”、“诸圣舍利”以及“七宝阿育王塔”等一大批世界级文物与圣物 ，是中国规格最高、规模最大、保存最完整的寺庙遗址。2011年，评为“2010年度全国十大考古新发现” 。2013年，被国务院核定公布为全国重点文物保护单位 。2015年底，大报恩寺遗址公园正式开放。