飞机
日本航空公司和全日空航空公司都有航班从函馆机场飞往名古屋、关系、仙台、广岛、福冈等地因此，前往函馆非常方便。
函馆机场离市中心大约需要20分钟的巴士车程。
铁路
日间火车
从东京乘JR东北新干线旋风列车，到终点站八户需要三个小时（座位需要预定）。之后从八户乘坐特急列车到函馆（需3小时）。
往返函馆可以考虑利用日本铁路周游券（只针对国外游客）和从北东北观光中心到函馆的双人免费乘车券（针对一起出游的男女双人旅游团）。
夜间火车
每晚都有几趟从东京（上野站）到札幌的夜间火车，中途会在函馆暂时停车。一般会在次日凌晨4点左右到达函馆。另外，北斗星3号晚上7点从东京出发，于清晨6点到达函馆，时间比较合理。从函馆开出的夜间火车时间在21点和午夜出发。
日本海夜间火车在大阪/京都和函馆之间每夜营运，单程旅途大约需要17 个小时。
客车
北海道中央巴士公司、道南巴士公司和北海道Kotsu 在函馆和札幌之间每天营运五班日行高速公路巴士和一班夜行巴士。单程旅程需要5.5小时。
轮船
青森和函馆之间有客轮开行。旅行时，可以先乘汽车或先乘火车和快速公交，然后转乘轮船。
出租车
北海道出租车起步价650日元/4人，根据距离和时间合算车费。
